Die Theorie der Hypnotherapie basiert laut "Gutachten zur wissenschaftlichen Anerkennung der Hypnotherapie" des Wissenschaftlichen Beirats Psychotherapie (27.03.2006) auf:

  physiologischen und immunologischen Aspekten,
  Lern- und Gedächtnistheorien,
  spezifischen hypnotherapeutischen Konzepten und
  Arbeiten zur Schmerzwahrnehmung und Schmerzverarbeitung.

Neuere Lern- und Gedächtniskonzepte legen dar, dass durch hypnotische Tranceinduktionen eine Anregung von spezifischen Aktivierungsmustern in kortikalen und subkortikalen Bereichen stattfindet, die auch für implizierte Gedächtnisprozesse bedeutsam sind.
So werden durch Hypnotherapie Veränderungsprozesse durch implizite Lernprozesse angeregt und Störreize leichter ausgeblendet, da eine explizite, bewusste Verarbeitung von Themen und Inhalten umgangen wird.

Werner J.Meinhold -  Ehrenpräsident der Gesellschaft für Therapeutische Hypnose (GTH e.V.) sagt:
"Hypnose ist entwicklungsgeschichtlich der älteste Bewusstseinszustand des Menschen, der in den entsprechenden Gehirnbereichen ständig aktiv bleibt und lebenswichtige Aufgaben erfüllt. Er ist sehr viel älter als der Schlaf und das rationale "Wachbewusstsein" und vermischt sich ständig mit diesen beiden jüngeren Bewusstseinszuständen." "In der Hypnose bleiben sowohl:
  der freie Wille,
  das Bewusstsein als auch
  die Erinnerung an das erhalten, was während der Hypnose an Eindrücken und Botschaften aus tieferen Bewusstseinsebenen auftaucht und unter Mithilfe des Hypnosetherapeuten analytisch bearbeitet wird."